Ren Amamiya, Tokyo’da bulunan Shujin Akademisi’ne transferiyle birlikte okul hayatının ikinci yılına başlamak üzeredir. Yaşadığı bir olayın ardından ’Persona’sı uyanır ve yozlaşmış yetişkinlerin kalplerini, bozulmuş arzularının kaynağını çalarak iyileştirmek amacıyla arkadaşlarıyla beraber ’’Kalplerin Phantom Hırsızları’’ olarak bir araya gelirler. Bu esnada tuhaf ve açıklanması güç vukuatlar ardı ardına meydana gelmektedir...