Hikaye Akihabara’da bir Aralık gününde geçmektedir. Okabe Rintaro hala yazın yaşanan olaylardan dolayı ortaya çıkan PTSD’sinden kurtulamamıştır. Bu sırada Okabe, doğum günü olan 14 Aralık’ta Makise’den bir mektup almıştır. Noel gününde ise Tennouji Nae’nin kayboluşuyla her şey sapa sarmıştır.
Anime ve OVA bölümlerinden sonra geçen olayları ele almaktadır ve canon olarak hikayenin devamıdır.